Главные символы университета, изображенные на его логотипе, — морская волна и мост. Калининградская область развивается как один из российских полюсов интеграции в европейское социокультурное пространство, связующих экономику, политику, культуру, образование и науку России и Европейского союза.
Нарастающая морская волна символизирует приморское расположение университета, движение вперед, постоянное развитие, подчеркивает образ университетской жизни как неисчерпаемого пространства знания и стремления к социокультурному взаимопониманию в регионе Балтийского моря — одном из самых благополучных макрорегионов мира, в который входят несколько стран с самым высоким рейтингом глобальной конкурентоспособности.
Мост как символ соединения и интеграции является знаком академической мобильности и продвижения российских образовательных и инновационных технологий за рубеж на основе развития достижений отечественной высшей школы и приобщения к традициям европейского образования; мост одновременно символизирует и понимание того, что незримые нити истории связывают сегодняшний день БФУ им. И. Канта с судьбой некогда знаменитого Кёнигсбергского университета Альбертина.