Академия постдипломного образования Федерального государственного бюджетного учреждения «Федеральный научно-клинический центр специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий Федерального медико-биологического агентства» (сокращенное наименование филиала - Академия постдипломного образования ФГБУ ФНКЦ ФМБА России) в соответствии с Приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 17 марта 2017 г. № 107 и Приказом Федерального медико-биологического агентства от 12 апреля 2017 г. № 66 образована 20 ноября 2018 года
ФГБУ ФНКЦ ФМБА России является правопреемником Федерального государственного бюджетного образовательного учреждении дополнительного профессионального образования «Институт повышения квалификации Федерального медико-биологического агентства» (ФГБОУ ДПО ИПК ФМБА России), который был создан в соответствии с Распоряжением Совета Министров СССР № 1910-Р от 28.10.1989 и приказом Минздрава СССР № 647 от 07.12.1989.