История основания ГБУЗ «Подольская городская больница № 2» начинается с 1918 года открытием на заводе им. Орджоникидзе первого здравпункта, на котором оказывалась медицинская помощь работникам предприятия.
В 1926 году организована амбулатория, которая обслуживала работников завода Орджоникидзе и население близлежащих деревень.
С 1935 года амбулатория переименована в поликлинику. В 1938 году при поликлинике был организован родильный дом и педиатрическое отделение. В 1958 году на Северном поселке города Подольска было построено 3-х этажное здание поликлиники.
В 1964 году, рядом с поликлиникой, построено 2-х этажное здание стационара. ЛПУ имело статус медсанчасти.
С 1980 года медсанчасть была реструктуризирована в больницу №2. Площадь территории Подольской городской больницы №2 составляет 54724 кв.м.
В оперативном управлении ГБУЗ МО «ПГБ №2» три здания: 2-х этажное здание стационара общей площадью 4531,4кв.м., 3-х этажное здание поликлиники общей площадью 1847,8кв.м. и 1-о этажное здание хозяйственного корпуса общей площадью 794,4кв.м.